SMK Kota Samarahan terletak di Jalan Dato’Mohd Musa, Kota Samarahan. Meliputi Kawasan seluas 36.7 ekar yang dikongsikan dengan Sekolah Kebangsaan Pendidikan Khas. Projek ini telah dilaksanakan melalui kaedah Rundingan Terus Reka dan Bina. Kos projek sekolah ini adalah berjumlah RM 14, 525, 783.13. Skop projek ini merangkumi 1 blok pentadbiran, 24 bilik darjah dan kemudahan lain seperti padang permainan, tapak perhimpunan, kantin dan beberapa kemudahan lain.

Murid sekolah ini berasal dari kampung berhampiran seperti Kg Tanjung Bundong, Kg Muara Tuang, Kampung Baru, Kg Rembus, Kg Meranek, Kg Pinang, Kg Entingan, Kg Melaban, Kg Nangka, Perumahan Desa Ilmu, Perumahan SamarIndah dan lain-lain. Sekolah ini mula beroperasi pada 01 Januari 2002 dengan jumlah pelajar seramai 325 orang, 23 orang guru, 4 orang kakitangan bukan guru dan 11 buah kelas.. Oleh sebab bangunan yang ada sekarang belum siap sepenuhnya, warga sekolah terpaksa menumpang di SK Dato’ Mohd Musa yang lokasinya tidak jauh dari sekolah ini

Bangunan sekolah ini siap sepenuhnya pada 19 Julai 2002. Walau bagaimanapun, sekolah hanya diserahkan pada 31 Julai 2002 dan mula beroperasi di bangunan sendiri pada 5 Ogos 2002. Pada 20023, jumlah pelajar meningkat kepada 552 orang , guru 29 orang, kakitangan bukan guru 9 orang dan 17 buah kelas. Pada 20 Februari 2004, sekolah ini dibuka dengan rasminya oleh YAB Perdana Menteri Malaysia Dato’ Seri Abdullah bin Haji Ahmad Badawi.